回顧唐山漢人入居臺灣，其時間主要是在清朝初年，因為歷史還不算太長久，因此一般家族的發展也不算很龐大，大宗祠、小宗祠之區分不是很明顯。不像大陸江南及金門地區，其聚族而居的歷史較為久遠，子子孫孫綿延瓜瓞，世系分支房派較多，所以各姓氏宗祠就有大宗祠、小宗祠之分。

大宗祠

　　明清以後所建立的宗祠，以始遷祖為祭祀對象者屬大宗祠。以金門為例，在瓊林屬二級古蹟的「蔡氏家廟」即為大宗祠，它是全村的中心。另外在古寧頭一帶三個村，共有大小、宗祠九座，其中只有一座屬於大宗祠。

小宗祠

　　始遷祖之後裔，若是族盛而分居，其房派綿綿瓜瓞，子孫為了區分房派及祭祀方便，以房派祖為宗所建的家廟，就是屬於小宗祠，也可稱它為「支祠」。在金門瓊林一地，除了有一座大宗祠為全族人共同聚會祭祀之外，尚有六座家廟是屬小宗祠，例如「六世竹溪公宗祠」。金門珠山的薛氏，於清乾隆33年即建立大宗祠，後來子孫又於大宗祠旁邊，興建了小宗家廟，表示當地薛氏人丁繁衍很興旺。